2008. Takaki, bientôt trentenaire et à la vie monotone se remémore parfois les bribes d’un temps où il était différent, enjoué, curieux de la vie et des autres. Un lien invisible l'unit à son amie d'enfance Akari, malgré la séparation et les années.
Misa et Takatoshi ne se connaissent pas encore lorsqu'ils rejoignent une petite entreprise familiale qui fabrique des télescopes et microscopes. Souffrant tous deux de troubles incurables invalidants, ils se rapprochent peu à peu et s'apprivoisent.