À son arrivée dans la ville de Shimonita, Ichi apprend qu’un chef yakuza local a mis sa tête à prix. Pris au piège, il découvre qu’un ancien amour a été assassiné. Dévoré par la colère, il part affronter les meurtriers : un rōnin mercenaire et son clan.
Zatoïchi tente de se retirer dans son village natal, mais la violence le rattrape lorsqu'il se retrouve mêlé à un conflit entre un clan de yakuzas et des villageois opprimés.
Hishakaku, accompagné de son amante Otoyo, déménagent à Tokyo. Alors qu'il prête serment auprès du clan Kogane, une guerre des gangs éclate. Son honneur sera rudement mis à l'épreuve.