Tourné dans un style hyperréaliste et contemplatif, Magellan montre le navigateur du point de vue des indigènes rencontrés durant son voyage autour du monde, ce qui entraine une déconstruction du mythe des ʺgrandes découvertesʺ et de la colonisation.

Aux Philippines, un lieutenant des forces de l'ordre assiste impuissant aux violences commises par ses collègues, en guerre contre les trafiquants.