A peine revenus sur la Terre, victorieux du Mortal Kombat, les guerriers humains réunis par Rayden, dieu du Tonnerre et des Eclairs, déchantent : le ciel se déchire et de sombres créatures en descendent... La victoire au Mortal Kombat devait protéger l´humanité pour une génération. Shao-Kahn, l´empereur d´Outremonde, n´aurait pas dû pouvoir envahir la Terre à nouveau : il a donc triché ! Il reste peu de temps aux guerriers de Rayden pour se préparer et empêcher la destruction finale...