Un commando de soldats prend d'assaut la prison désaffectée d'Alcatraz. Des touristes en visite sont retenus en otages. Mason, le seul prisonnier à s'être évadé du lieu, est contacté par le FBI pour faire équipe avec un expert en armes chimiques.
Cameron Poe, un ancien marine condamné pour meurtre est mêlé malgré lui, au lendemain de sa libération, à une tentative d'évasion aérienne menée par d'inquiétants criminels.
Pour mener à bien son enquête et venger la mort de son fils, l'agent du FBI Sean Archer emprunte le visage du terroriste Castor Troy, dans le coma. Mais celui-ci se réveille et va prendre à son tour l'identité d'Archer...