À son arrivée dans la ville de Shimonita, Ichi apprend qu’un chef yakuza local a mis sa tête à prix. Pris au piège, il découvre qu’un ancien amour a été assassiné. Dévoré par la colère, il part affronter les meurtriers : un rōnin mercenaire et son clan.
Zatoïchi tente de se retirer dans son village natal, mais la violence le rattrape lorsqu'il se retrouve mêlé à un conflit entre un clan de yakuzas et des villageois opprimés.
Hishakaku, accompagné de son amante Otoyo, déménagent à Tokyo. Alors qu'il prête serment auprès du clan Kogane, une guerre des gangs éclate. Son honneur sera rudement mis à l'épreuve.
Après avoir purgé sa peine de prison, Hishakaku découvre qu'Otoyo se prostitue en Mandchourie. Il se rend en Chine pour sauver la femme qu'il aime toujours, mais se retrouve alors pris dans un combat perdu d'avance.
XVIIe siècle. Tsugumo, samouraï déchu, demande asile au clan Li. Il veut se suicider en s'ouvrant le ventre de son sabre. L'intendant du clan lui raconte l'histoire de Chijiwa, un jeune homme venu quelques mois plus tôt avec l'intention de se suicider...