Tokyo, dans un futur proche. Deux amis inséparables prennent un malin plaisir à perturber l'ordre établi dans leur lycée. Après un mauvais coup de trop, la direction place l'établissement sous le contrôle d'une intelligence artificielle de surveillance...
Un vieux professeur s'apprête à prendre sa retraite. "Êtes-vous prêt à passer dans l'autre monde", lui demande ses élèves. Celui-ci répond invariablement : «Madadayo» (Pas encore !). Jusqu'au jour où un malaise fait resurgir ses souvenirs d'enfance...
Hiroshi vit dans une banlieue de Tokyo avec ses parents et son jeune frère. Un soir à son retour de l’école, il s’enferme dans sa chambre et pendant deux ans refusera d’en sortir et d’y laisser entrer qui que ce soit.
Mike Yokohama est un détective privé, cynique et blagueur, engagé par le père d’une jeune femme qui a quitté la ville pour se rendre dans une maison reculée où elle effectue une retraite . Il doit l'en faire sortir à temps pour son mariage. A son arrivée, l’énigmatique docteur qui dirige la maison lui indique un lieu dans la forêt, où se trouve un arbre qui lui ressemble.