A peine revenus sur la Terre, victorieux du Mortal Kombat, les guerriers humains réunis par Rayden, dieu du Tonnerre et des Eclairs, déchantent : le ciel se déchire et de sombres créatures en descendent... La victoire au Mortal Kombat devait protéger l´humanité pour une génération. Shao-Kahn, l´empereur d´Outremonde, n´aurait pas dû pouvoir envahir la Terre à nouveau : il a donc triché ! Il reste peu de temps aux guerriers de Rayden pour se préparer et empêcher la destruction finale...

Rayden, le Dieu du Tonnerre accompagne Liu Kang, Johnny Cage et Sonya Blade au "Mortal Kombat", un tournoi titanesque où s'affronte l'Outremonde et les Humains depuis des millénaires. Si l'Outremonde remporte le tournoi 10 fois d'affilé, il pourra entrer sur le Royaume terrestre et cela marquerait la fin de la civilisation humaine. Les espoirs de l'humanité semblent minces face aux guerriers Scorpion, Sub Zero et Goro qui totalisent déjà neuf victoires consécutives.