Tourné dans un style hyperréaliste et contemplatif, Magellan montre le navigateur du point de vue des indigènes rencontrés durant son voyage autour du monde, ce qui entraine une déconstruction du mythe des ʺgrandes découvertesʺ et de la colonisation.

Gravement blessé, Simoun entame avec son ami Isagani un voyage dans la jungle dans l’espoir d’obtenir une rédemption, guérison à la fois physique et morale...

Gregoria de Jesus cherche le corps disparu de son mari, l’insurgé Andres Bonifacio, kidnappé par un groupe rebelle rival.

Isagani, étudiant naïf, brillant et poète, se laisse influencer par le ténébreux Simoun, un radical qui prône la violence au nom de la libération.

Joaquin, un homme à la vie simple, est injustement emprisonné pour meurtre alors que le véritable assassin, Fabian issu d'une famille aisée, court toujours...