Kaito et son amie Kyoko vivent sur l’île d’Amami où chacun vit en harmonie avec la nature. Un jour, le garçon aperçoit le corps d’un homme flottant dans la mer.
Poursuivis par des pirates et des militaires, Sheeta et Pazu se lancent à la recherche de Laputa, légendaire cité volante renfermant un magnifique trésor.
Une vieille femme des montagnes du Shinshu atteint l'âge de 70 ans. Selon la coutume, elle doit se rendre sur le sommet de Narayama pour se laisser partir.