Lois Lane et Jimmy Olson sont attaqués par un fantôme. Ils font appel au Scooby-Gang, l'occasion pour Scooby-Doo de rencontrer Krypto, le chien de Superman.
Dans un futur ravagé, Numéro 9, créé par un scientifique, détient la clé de survie des siens. Il doit convaincre ses compagnons d'affronter les machines.