Quelques mois après le grand crash provoqué par FSociety, le gouvernement Obama s'active pour rétablir l'ordre économique et social. Les dirigeants de «?E?» essayent de limiter leurs pertes tout en continuant de faire face aux attaques de FSociety. Le groupuscule, qui peine à donner suite à son coup de force, est désormais dirigé par Darlene. De son côté, Elliot a décidé de faire une cure de désintoxication informatique et médicamenteuse. Installé chez sa mère, il n'approche plus d'ordinateurs, mène une vie réglée et répétitive, et tâche de ne plus se laisser influencer par ceux qui l'entourent ni par ses propres visions. Tandis qu'il espère que son père sortira de sa tête, les choses vont s'avérer bien plus complexes que ça.

Elliot Alderson travaille à New York en tant qu'ingénieur en sécurité informatique pour Allsafe Security. Ce dernier, qui lutte constamment contre un trouble d'anxiété sociale et de dépression, semble fortement influencé par la paranoïa et l'illusion. Alors qu'il pirate les comptes des gens, ce qui le conduit souvent à agir comme un cyber-justicier, Elliot rencontre Mr. Robot, un mystérieux anarchiste qui souhaite le recruter dans son groupe de hackers connu sous le nom de Fsociety. Leur objectif : rétablir l'équilibre de la société par la destruction des infrastructures des plus grosses banques et entreprises du monde, notamment le conglomérat E Corp. qui, par ailleurs, représente 80% du chiffre d'affaires d'Allsafe Security.